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Thème de santé publique

Épidémiologie génomique

Références publiées du Radar de recherche reliées au thème « Épidémiologie génomique » par la classification auditable.

Preuves publiées
722
Maladies
109
Pays et régions
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Thèmes
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Flux de preuves

Publications disponibles

722

30 publications sur 722 affichées

A genomic toolkit for surveillance and elimination of the principal malaria vectors in Southeast Asia.

Tristan P.W. Dennis, Amelie Vantaux, Kevin C Kobylinski et 14 autres

Wellcome Open Research

Type
Article de revue
Portée
Bangladesh, Cambodge, Thaïlande

Pourquoi cette étude compte maintenant La boîte à outils est présentée comme une base pour la surveillance génomique destinée à éclairer le contrôle des vecteurs et les stratégies d’élimination du paludisme en Asie du Sud-Est, où la diversité des vecteurs et la résistance aux insecticides compliquent le contrôle.

Epidemiological and phylogenetic analysis of anthrax in Kazakhstan in 2024

Uinkul Izbanova, Altyn Rysbekova, Duman Yessimseit et 11 autres

Infection, Genetics and Evolution

Type
Étude génomique
Portée
Kazakhstan

Pourquoi cette étude compte maintenant Les résultats démontrent la persistance de l'anthrax dans les régions endémiques établies d'Asie centrale avec transmission zoonotique continue par le bétail, soutenant l'intégration de la surveillance génomique dans les programmes d'enquête et de réponse aux épidémies au niveau national.

A One Health Molecular Investigation and Exploratory Epidemiological Analysis of Cryptosporidium spp. in A Shared Human-Animal Ecosystem.

Wakid MH, Aryal D, Sharifuzzaman et 4 autres

Veterinary medicine and science

Type
Étude transversale
Portée
Bangladesh

Pourquoi cette étude compte maintenant Les résultats suggèrent des interfaces possibles d'exposition via l'eau et l'hygiène pour la cryptosporidiose en milieu rural à ressources limitées, en accord avec les priorités One Health.

Tularemia: una zoonosis reemergente

Marta Hernández, José Antonio Oteo, José Mª Eiros

Medicina Clínica

Type
Étude génomique
Portée
États-Unis, Autriche, Espagne

Pourquoi cette étude compte maintenant La virulence exceptionnelle de Francisella tularensis — une dose infectante d'à peine dix cellules bactériennes et une mortalité de 30 % en l'absence de traitement — ainsi que sa classification comme agent de bioterrorisme de catégorie A par le CDC soulignent l'urgence de disposer de connaissances cliniques et diagnostiques actualisées pour renforcer la préparation sanitaire.

Évalué par les pairs Accès ouvert Syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) SurveillanceÉpidémiologie génomiqueEnquête sur une flambée
DOI 10.3201/eid3211.260394 ↗

Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus in Camels, Kazakhstan, 2025.

Kydyrmanov A, Kassymbekov Y, Nuralibekov S et 5 autres

Emerging infectious diseases

Type
Étude génomique
Portée
Kazakhstan

Pourquoi cette étude compte maintenant Les résultats soulignent un risque potentiel de transmission zoonotique et la nécessité de renforcer les capacités de surveillance dans la région.

Genomic surveillance meets clinical practice: rule-based individualized treatment prediction for gonorrhoea using SensiTyper

Daniel Golparian, Leonor Sánchez-Busó, Magnus Unemo

Nature Communications

Type
Étude génomique
Portée
Non classé

Pourquoi cette étude compte maintenant Cette étude est classée comme une preuve de type genomic study concernant Gonorrhea. Vérifiez la publication originale avant toute citation ou application.

Biotechnology-Enabled Diagnosis and Treatment of Drug-Resistant Tuberculosis in the Philippines

Liz Erbelle P. Alameda, Patrick Antonio A. Fernando, Nancy Choon-Si Ng et 4 autres

SN Comprehensive Clinical Medicine

Type
Article de revue
Portée
Philippines

Pourquoi cette étude compte maintenant Intégrer détection rapide, choix thérapeutique, suivi et accès équitable dans une trajectoire résiliente est essentiel pour réduire le fardeau de la tuberculose résistante aux Philippines.

Évalué par les pairs Accès ouvert GrippeInfection humaine par le virus H5N1 Épidémiologie génomiqueUne seule santé
DOI 10.1128/jvi.01372-26 ↗

Bovine myxovirus resistance protein (Mx)1, but not Mx2, mediates antiviral activity against human and avian influenza A viruses, including H5N1 clade 2.3.4.4b

Rubaiyea Farrukee, Yongyan Xia, Rachel Morris et 9 autres

Journal of Virology

Type
Étude génomique
Portée
États-Unis

Pourquoi cette étude compte maintenant La circulation prolongée du H5N1 en bovins pourrait favoriser des changements viraux contournant les défenses Mx, augmentant potentiellement le risque de débordement ou de pandémie.

Molecular Characterization of IS1111-Positive Tick Pools from Punjab, Pakistan Reveals Clade C Coxiella-like Endosymbionts

Muhammad Husnain Ali Alvi, Abdul Rehman, Tariq Jamil et 4 autres

Veterinary Sciences

Type
Étude génomique
Portée
Pakistan

Pourquoi cette étude compte maintenant Les résultats soulignent qu'une détection par IS1111 seul peut induire en erreur et qu'un séquençage confirmatif est nécessaire ; ils mettent en évidence des lacunes sur l'écologie de C. burnetii dans la région.

Pan-Coronavirus Molecular Surveillance in Stool Samples from Patients with Acute Gastroenteritis: SARS-CoV-2 as the Only Coronavirus Detected

Seda Tezcan-Ulger, Seyma Akbulut, Aslihan Bekci et 3 autres

Pathogens

Type
Étude génomique
Portée
Non classé

Pourquoi cette étude compte maintenant L'étude offre des données de référence sur l'ARN coronavirus dans un type d'échantillon peu étudié et suggère que le dépistage fécal pourrait compléter la surveillance One Health, sans preuve d'infectiosité par l'ARN seul.

Évalué par les pairs Accès ouvert Infection humaine par le virus H5N1Grippe SurveillanceEnquête sur une flambéeÉpidémiologie génomique
DOI 10.3390/life16111814 ↗

Spatial Distribution and Genetic Diversity of Highly Pathogenic Avian Influenza A (H5N1) in Bulgaria, 2024–2026

Gabriela Goujgoulova, Koycho Koev

Life

Type
Étude génomique
Portée
Bulgarie

Pourquoi cette étude compte maintenant Associer surveillance spatiale, temporelle et génétique peut aider à repérer les zones à risque et renforcer le contrôle de la grippe aviaire en Bulgarie.

Genomic epidemiology of multidrug-resistant and non-multidrug-resistant clinical Salmonella enterica isolates in Guangdong, China

Sitong Chen, Jiajun Liu, Dongmei He et 5 autres

Frontiers in Cellular and Infection Microbiology

Type
Étude génomique
Portée
Guangdong, Chine

Pourquoi cette étude compte maintenant Les différences observées entre isolats fournissent une base génomique pour le suivi régional des S. enterica résistants aux médicaments dans le Guangdong.

Phylogenetic inconsistency of pairwise SNP clustering for inferring tuberculosis transmission in a high-burden, endemic setting: a case study from Thailand

Pakorn Aiewsakun, Walter Samuel Hunter, Prasit Palittapongarnpim

mSystems

Type
Étude génomique
Portée
Thaïlande, Royaume-Uni

Pourquoi cette étude compte maintenant Dans les contextes endémiques à forte charge, la classification simple par seuil SNP peut fausser la transmission ; des méthodes phylogénétiques respectant la descendance sont recommandées.

Unravelling the transmission dynamics and evolutionary trajectory of mpox in South Korea: 2022-2025 outbreak.

Lee M, Choi CH, Lee SE et 5 autres

Emerging microbes & infections

Type
Article de revue
Portée
Corée du Sud

Pourquoi cette étude compte maintenant L'intégration de la surveillance génomique et d'interventions ciblées aide à caractériser la transmission et suivre changements viraux pertinents pour la santé publique.

Évalué par les pairs Accès ouvert GrippeInfection humaine par le virus H5N1 SurveillanceÉpidémiologie génomiqueUne seule santé
DOI 10.1038/s41467-026-78683-7 ↗

Developing and benchmarking one health genomic surveillance tools for influenza A virus in wastewater

Minxi Jiang, Audrey L. W. Wang, James B. Thissen et 3 autres

Nature Communications

Type
Article de revue
Portée
Non classé

Pourquoi cette étude compte maintenant L'optimisation des techniques de séquençage génomique des eaux usées améliore la capacité de surveillance des virus de la grippe A dans une approche Une seule santé. Ces améliorations méthodologiques soutiennent le suivi de routine de divers sous-types viraux, y compris ceux potentiellement émergents, dans les échantillons environnementaux.

Évalué par les pairs Accès ouvert Syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) Épidémiologie génomiqueRésistance aux antimicrobiensSurveillance
DOI 10.1186/s13059-026-04301-w ↗

Amira: detection of single and multi-copy antimicrobial resistance genes directly from long reads using gene-space de Bruijn graphs

Daniel Anderson, Leandro Lima, Trieu Le et 3 autres

Genome Biology

Type
Étude génomique
Portée
Non classé

Pourquoi cette étude compte maintenant Une meilleure détection des gènes AMR par lectures longues peut soutenir la prédiction génotypique et les activités de surveillance évoquées dans le contexte de l'article.

Évalué par les pairs Accès ouvert GrippeSyndrome de choc toxique SurveillanceÉpidémiologie génomiqueTraitement
DOI 10.3390/microorganisms14102373 ↗

Fatal Post-Influenza Streptococcal Toxic Shock Syndrome Caused by M1UK Streptococcus pyogenes in South Korea: A Case Report

Hae Seong Jeong, Yong Jun Kwon, Mihee Kim et 3 autres

Microorganisms

Type
Étude génomique
Portée
Corée du Sud

Pourquoi cette étude compte maintenant L'émergence de cette lignée bactérienne spécifique dans la région souligne l'importance d'une surveillance génomique continue des infections streptococciques invasives. Elle met également en évidence la nécessité clinique d'évaluer le risque de syndrome de choc toxique chez les individus présentant un état de choc à la suite de maladies respiratoires virales.

Multidrug-resistant monophasic Salmonella Typhimurium ST34 strain producing blaNDM-5 carbapenemase isolated from a patient with rectal cancer in Hainan, China: comprehensive whole genome dissection of antibiotic resistance and virulence determinants

Shan Zhong, Lei Xing, Licheng Wang et 8 autres

Frontiers in Cellular and Infection Microbiology

Type
Étude génomique
Portée
Hainan, Chine

Pourquoi cette étude compte maintenant Cette étude est classée comme une preuve de type genomic study concernant Gastroenteritis. Vérifiez la publication originale avant toute citation ou application.

High levels of domestic transmission and drug resistance –analysis of national surveillance data for shigellosis, the Netherlands, 2018 to 2024

Boas van der Putten, Hendrik Sauskojus, Anouk Meijs et 5 autres

Eurosurveillance

Type
Article de revue
Portée
Pays-Bas

Pourquoi cette étude compte maintenant L'intégration du séquençage génomique dans la surveillance de routine a amélioré l'identification des réseaux de transmission et a fourni des informations plus rapides sur les tendances de résistance. Les auteurs soulignent la nécessité de campagnes de santé publique continues axées sur l'hygiène et la sensibilisation pour atténuer la propagation des souches hautement résistantes.

Multidrug- and rifampicin-resistant tuberculosis in the post-BPaLM era: from genomic resistance prediction to precision treatment, therapeutic failure and transmission control — a comprehensive review

Mohan Bilikallahalli Sannathimmappa, Vinod Nambiar

Bulletin of the National Research Centre

Type
Article de revue
Portée
Non classé

Pourquoi cette étude compte maintenant La TB-MDR/RR demeure un contributeur majeur à la mortalité liée à la résistance aux antimicrobiens. Une résistance aux agents les plus récents apparaît déjà, et la capacité diagnostique pour les tests rapides de résistance est distribuée de manière inégale. Les auteurs proposent un système de rétroaction reliant le séquençage rapide, les schémas individualisés, la surveillance en temps réel de la toxicité et de la résistance, et la surveillance génomique au niveau populationnel, avec l'accès équitable comme fondement.

Évalué par les pairs Accès ouvert Virus du Nil occidental Épidémiologie génomiqueSurveillance
DOI 10.3390/pathogens15101061 ↗

Retrospective Whole-Genome Sequencing and Molecular Epidemiological Analysis of Austrian WNV-2 Veterinary Cases (2008-2025).

Stätter M, Polzer D, Reisp K et 3 autres

Pathogens (Basel, Switzerland)

Type
Étude génomique
Portée
Autriche, Hongrie

Pourquoi cette étude compte maintenant Les résultats soulignent qu'une surveillance génomique complète des infections animales peut suivre le remplacement des lignées et éclairer la compréhension de l'évolution virale régionale.

First Identification of an Autochthonous Case of Chikungunya in Guinea

Mamadou Bhoye Keita, Martin Faye, Basala Traoré et 17 autres

The American Journal of Tropical Medicine and Hygiene

Type
Article de revue
Portée
Guinée, Sénégal

Pourquoi cette étude compte maintenant Le rapport fournit la première preuve documentée de chikungunya acquis localement en Guinée, étayant les appels à une surveillance clinique, entomologique et génomique élargie des arbovirus à l'échelle du pays pour caractériser le risque et orienter la préparation aux épidémies.

Évalué par les pairs Accès ouvert Leishmaniose SurveillanceÉpidémiologie génomique
DOI 10.1371/journal.pntd.0014726 ↗

First record of Phlebotomus sergenti (Diptera: Psychodidae) in China and its potential epidemiological implications

Haowei Dong, Anjie Yang, Wenqi Shan et 7 autres

PLOS Neglected Tropical Diseases

Type
Étude génomique
Portée
Chine, Afghanistan, Kirghizstan

Pourquoi cette étude compte maintenant Les auteurs indiquent que cette découverte comble une lacune dans les données de répartition de l’espèce et plaident pour un renforcement de la surveillance et de la coopération transfrontalière afin de suivre la propagation des maladies à transmission vectorielle en Asie centrale. Il s’agit des implications avancées par l’article, et non d’une preuve d’un signal de surveillance actuel.

Évalué par les pairs Accès ouvert Coqueluche VaccinationÉpidémiologie génomique
DOI 10.1186/s12866-026-05722-0 ↗

Genomic characteristics and evolutionary analysis of Bordetella pertussis in Guizhou Province, China

Xuanjie Yang, Chunting Liu, Luming Yang et 6 autres

BMC Microbiology

Type
Étude génomique
Portée
Chine

Pourquoi cette étude compte maintenant Les résultats mettent en évidence une lignée régionale dominante de B. pertussis résistante aux macrolides dont le profil antigénique diverge des souches vaccinales, un schéma que les auteurs jugent pertinent pour l'optimisation vaccinale et l'utilisation rationnelle des antimicrobiens dans le Guizhou.

Genomic Detection of Multidrug-Resistant H58 ST1 Salmonella Typhi in a South African Urban Waterway Reveals Epidemiological Links With Clinical Isolates.

Duze ST, Marimani M, Patel M

MicrobiologyOpen

Type
Étude génomique
Portée
Afrique du Sud

Pourquoi cette étude compte maintenant Il s’agit du premier rapport de S. Typhi H58 multirésistant porteur de qacEΔ1 détecté dans une eau de surface sud-africaine, ce qui désigne la rivière Jukskei comme une source environnementale potentielle de typhoïde résistante contribuant à la transmission locale.

Emergence of Macrolide-Resistant Bordetella pertussis, Peru, 2025.

Juscamayta-López E, Valdivia F, Rodríguez-Cueva C et 10 autres

Emerging infectious diseases

Type
Étude génomique
Portée
Pérou

Pourquoi cette étude compte maintenant L’émergence de cette résistance appuie le renforcement de la surveillance afin d’informer les stratégies de contrôle de la coqueluche.

Molecular epidemiology and antimicrobial resistance determinants of Corynebacterium diphtheriae causing infections in Karachi, Pakistan, 2023-2024

Sobia Muhammad Asad Khan, Seema Irfan, Javaria Ashraf et 9 autres

International Journal of Infectious Diseases

Type
Étude génomique
Portée
Pakistan

Pourquoi cette étude compte maintenant Les résultats indiquent que les isolats de Karachi étudiés comprenaient des souches génétiquement diverses, des marqueurs fréquents de résistance aux antimicrobiens et un écart entre la détection du gène tox et la production de toxine rapportée. Les auteurs considèrent la surveillance génomique et l’amélioration des approches diagnostiques comme pertinentes pour évaluer les tendances de transmission et la production de toxine, notamment dans les contextes à revenu faible ou intermédiaire.

Évalué par les pairs Accès ouvert Résistance à la vancomycine Épidémiologie génomiqueEnquête sur une flambéeDynamique de transmission
DOI 10.1002/mbo3.70393 ↗

Emergence of a Novel, Phenotypically Difficult-to-Detect Vancomycin-Resistant Enterococcus faecium Clone (ST117/CT7799).

Forstner P, Uitz C, Dabernig-Heinz J et 10 autres

MicrobiologyOpen

Type
Étude génomique
Portée
Autriche

Pourquoi cette étude compte maintenant Le phénotype de résistance difficile à détecter de ce clone révèle un défaut important dans les algorithmes diagnostiques courants, compromettant la détection précoce et les mesures de contrôle des infections.

A tiered molecular surveillance framework linking rapid dengue detection to genomic epidemiology in Senegal

Amy Gaye, Varun Vaidya, Mariama Toure et 18 autres

International Journal of Infectious Diseases

Type
Étude génomique
Portée
Sénégal

Pourquoi cette étude compte maintenant Les résultats fournissent un contexte limité à cet article sur la détection conjointe de la dengue, du virus Zika et du chikungunya au Sénégal et décrivent une approche de surveillance combinant dépistage groupé, sérotypage rapide et séquençage. Le résumé présente cette approche comme potentiellement adaptable à plus grande échelle dans des contextes disposant de ressources limitées.

Clinical and population genomic epidemiology of invasive group A streptococcus in Scotland, 2014-2024

Stephen B. Beres, Davide Pagnossin, Randall J. Olsen et 6 autres

Journal of Infection

Type
Étude génomique
Portée
Non classé

Pourquoi cette étude compte maintenant Les résultats fournissent un contexte populationnel et génomique pour l'augmentation post-pandémique des infections invasives à streptocoque du groupe A en Écosse et n'appuient pas l'émergence d'un nouveau clone hypervirulent emm1 comme explication identifiée dans cette étude.