同行评议开放获取肺结核
Value of routine whole genome sequencing for Mycobacterium tuberculosis drug resistance detection
International Journal of Infectious Diseases·
- DOI
- 10.1016/j.ijid.2021.03.033
- PMID
- 33753222
- PMCID
- —
- OpenAlex
- W3136232976
- 研究类型
- Genomic study
- 出版商
- Elsevier BV
- 文章类型
- journal-article
- 完整性状态
- current
为何这项研究现在值得关注
摘要将常规测序描述为与低发病率地区结核病耐药检测和管理相关。该文在主题上归入结核病、抗微生物耐药和基因组流行病学。
01
结构化证据摘要
研究问题
该研究关注：常规全基因组测序在新南威尔士州结核分枝杆菌分离株中，检测药物耐药方面能带来多大附加价值。
研究设计
这是一项基因组学研究，将全基因组测序推断的耐药标记与商业基因型药敏试验及常规表型药敏试验进行比较。比较对象为2016年至2019年间测序的分离株。
人群与场景
研究纳入了来自澳大利亚新南威尔士州的1107株临床结核分枝杆菌分离株，测序时间为2016至2019年。摘要将该环境描述为低发病率地区。
主要发现
在1107株测序分离株中，29株（2.6%）为多重耐药菌，主要谱系为北京型和东非-印度型。与表型药敏试验相比，全基因组测序额外识别出约1%可能耐药的分离株；与商业基因型检测相比，耐药检出提高了20%，且不同谱系之间的增益差异明显，并具有统计学意义。
公共卫生意义
摘要将常规测序描述为与低发病率地区结核病耐药检测和管理相关。该文在主题上归入结核病、抗微生物耐药和基因组流行病学。
重要局限
摘要明确表明，这些发现来自澳大利亚单一司法辖区的临床分离株，而且不同系统发育谱系之间的检出增益并不一致。此摘要仅限于所提供的单篇文章摘要和元数据；若要进行可用于决策的解读，还需要原始论文。
GIDS 解读
就GIDS式索引而言，这篇文章可在结核病、抗微生物耐药和基因组流行病学语境下被检索到，且元数据显示其为同行评审的基因组学研究。所给分类链接未列出国家，但摘要明确指出研究地点是澳大利亚新南威尔士州。
02
相关 GIDS 监测
文献背景不会验证、解释或改变监测信号；精确关系与背景关系会分开展示。
03
证据关系
本文与疾病、地区、主题及研究设计之间有 6 条可审计分类关系。
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