Rapid implementation of SARS-CoV-2 sequencing to investigate cases of health-care associated COVID-19: a prospective genomic surveillance study
The Lancet Infectious Diseases·
- DOI
- 10.1016/s1473-3099(20)30562-4
- PMID
- 32679081
- PMCID
- PMC7806511
- OpenAlex
- W3043177992
- 研究类型
- Genomic study
- 出版商
- Elsevier BV
- 文章类型
- journal-article
- 完整性状态
- current
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摘要将快速的基因组与流行病学联合分析描述为调查疑似医疗机构相关 COVID-19、发现此前未被识别的传播事件以及确定感染控制行动机会的工具。研究结果为英国医院和社区环境中的基因组流行病学及暴发调查提供了背景，但未确立超出本研究范围的影响。
结构化证据摘要
研究问题
研究评估了将快速 SARS-CoV-2 测序与详细流行病学分析相结合，是否能够调查医疗机构相关感染并为感染控制措施提供信息。
研究设计
这是一项前瞻性监测研究，采用纳米孔技术对 PCR 阳性样本进行快速测序，并通过每周审查整合基因组和流行病学信息。样本来自一家医院以及英格兰东部医院的随机抽样。
人群与场景
研究覆盖 2020 年 3 月 13 日至 4 月 24 日期间英格兰东部的 COVID-19 患者。研究收集了 5,613 名患者的临床资料和样本；对研究医院 299 名患者的分析确定了所报告的聚集事件。
主要发现
在测序的 1,000 份样本中，747 份产生了高质量基因组。在研究医院患者中，基因组与流行病学分析发现 35 个聚集事件，涉及 159 名患者；其中 92 名具有较强的流行病学关联，32 名具有合理的流行病学关联。研究结果向临床、感染控制及医院管理团队反馈，并为感染控制干预和患者安全报告提供了信息。
公共卫生意义
摘要将快速的基因组与流行病学联合分析描述为调查疑似医疗机构相关 COVID-19、发现此前未被识别的传播事件以及确定感染控制行动机会的工具。研究结果为英国医院和社区环境中的基因组流行病学及暴发调查提供了背景，但未确立超出本研究范围的影响。
重要局限
所提供的摘要未说明明确的研究局限性。现有证据仅限于单篇文章的摘要和元数据，观察结果来自一家英国医院及一个明确的疫情早期时间段；要进行可用于决策的解读，需要查阅原始论文。
GIDS 解读
本文可作为英国 SARS-CoV-2 基因组流行病学、监测及医疗机构相关暴发调查方面的证据被检索到。它仅提供历史研究背景，不能确认或描述任何当前监测信号。
相关 GIDS 监测
文献背景不会验证、解释或改变监测信号；精确关系与背景关系会分开展示。
证据关系
本文与疾病、地区、主题及研究设计之间有 17 条可审计分类关系。