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同行评议开放获取传染性非典型肺炎新型冠状病毒感染

Convergent evolution of SARS-CoV-2 Omicron subvariants leading to the emergence of BQ.1.1 variant

Nature Communications·

Jumpei Ito, Rigel Suzuki, Keiya Uriu, Yukari Itakura, Jiri Zahradnik, Kanako Terakado Kimura, Sayaka Deguchi, Lei Wang, Spyros Lytras, Tomokazu Tamura, Izumi Kida, Hesham Nasser, Maya Shofa, Mst Monira Begum, Masumi Tsuda, Yoshitaka Oda, Tateki Suzuki, Jiei Sasaki, Kaori Sasaki-Tabata, Shigeru Fujita, Kumiko Yoshimatsu, Hayato Ito, Naganori Nao, Hiroyuki Asakura, Mami Nagashima, Kenji Sadamasu, Kazuhisa Yoshimura, Yuki Yamamoto, Tetsuharu Nagamoto, Jin Kuramochi, Gideon Schreiber, Saori Suzuki, Marie Kato, Zannatul Ferdous, Hiromi Mouri, Kenji Shishido, Naoko Misawa, Izumi Kimura, Yusuke Kosugi, Pan Lin, Mai Suganami, Mika Chiba, Ryo Yoshimura, Kyoko Yasuda, Keiko Iida, Naomi Ohsumi, Adam P. Strange, Daniel Sauter, So Nakagawa, Jiaqi Wu, Yukio Watanabe, Ayaka Sakamoto, Naoko Yasuhara, Yukari Nakajima, Hisano Yajima, Kotaro Shirakawa, Akifumi Takaori-Kondo, Kayoko Nagata, Yasuhiro Kazuma, Ryosuke Nomura, Yoshihito Horisawa, Yusuke Tashiro, Yugo Kawa, Takashi Irie, Ryoko Kawabata, Ryo Shimizu, Otowa Takahashi, Kimiko Ichihara, Chihiro Motozono, Mako Toyoda, Takamasa Ueno, Yuki Shibatani, Tomoko Nishiuchi, Akatsuki Saito, Keita Matsuno, Kazuo Takayama, Takao Hashiguchi, Shinya Tanaka, Takasuke Fukuhara, Terumasa Ikeda, Kei Sato

DOI
10.1038/s41467-023-38188-z
PMID
37169744
PMCID
PMC10175283
OpenAlex
W4376223660
研究类型
Genomic study
出版商
Springer Science and Business Media LLC
文章类型
journal-article
完整性状态
current

为何这项研究现在值得关注

研究结果阐明了奥密克戎谱系趋同进化的演化规律,并表征了新兴变异株的免疫逃逸特性,对理解病毒适应性和人群免疫动态具有相关性。

01

结构化证据摘要

研究问题

该研究探讨了SARS-CoV-2奥密克戎亚变异株的趋同进化模式,并表征了BQ.1.1谱系的特性。

研究设计

研究采用系统发育分析、流行动力学建模、中和试验和仓鼠致病性实验来表征病毒进化和特性。

人群与场景

分析了2022年末在全球流行的奥密克戎亚变异株。使用仓鼠模型进行致病性评估。

主要发现

在奥密克戎谱系中反复获得刺突蛋白R346、K444、L452、N460和F486位点的五个氨基酸替换,这些替换解释了大部分适应性变异。与BA.5相比,BQ.1.1对突破性BA.2和BA.5感染血清表现出更强的免疫逃逸,但在仓鼠中的致病性低于BA.5。

公共卫生意义

研究结果阐明了奥密克戎谱系趋同进化的演化规律,并表征了新兴变异株的免疫逃逸特性,对理解病毒适应性和人群免疫动态具有相关性。

重要局限

本摘要依据所提供的单篇文献摘要和元数据。摘要范围限于截至2022年的奥密克戎谱系。对方法、统计效能和可推广性的完整解读需要查阅原文。

GIDS 解读

该文献被归类至基因组流行病学、疫情调查和传播动力学主题,并关联至SARS和COVID-19疾病类别。该分类支持聚焦于变异株进化和免疫逃逸的监测工作流发现该文献。

02

相关 GIDS 监测

文献背景不会验证、解释或改变监测信号;精确关系与背景关系会分开展示。

03

证据关系

本文与疾病、地区、主题及研究设计之间有 10 条可审计分类关系。

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